value を空にすると値をクリアすることができます。(古い IE だとクリアすることができません)
このサンプルでは、ボタンのタグだけ貼り付ければすぐに使えるよう onclick で value を空にしています。file1 の箇所はクリアしたい入力部品の ID を指定してください。
file1